Návrh na vznik samostatné Fyziologické společnosti v roce 1945 je spojen se jmény Viléma Laufbergera (předseda Biologické společnosti) a Ernesta Gutmanna, který znal organizační strukturu The Physiological Society v Anglii. Smyslem návrhu bylo poskytnout forum pro diskuze a vědecké informace, zajistit mezinárodní spolupráci ve fyziologickém výzkumu a aktivně organizovat akce, které by zlepšily domácí úroveň fyziologie a usměrňovaly její vývoj.
Fyziologická společnost (FS) byla založena až v roce 1950 jako sekce Čs. lékařské společnosti J. E. Purkyně a první výbor FS pracoval do roku 1955 ve složení: předseda: Vilém Laufberger, místopředsedové: Juraj Antal, Zdeněk Servít, jednatel: Zdeněk Votava, pokladník: Emma Holečková, zapisovatel: Jaromír Mysliveček, referent pro tisk: Ernest Gutmann, Jaroslav Lebduška.
Na pravidelných pracovních schůzích, které se konaly v posluchárně Fyziologického ústavu na Albertově, výbor organizoval vědeckou činnost v oboru fyziologie, farmakologie a biochemie. Podle původních stanov byla FS výběrová, takže se členem mohl stát jen ten, kdo prokázal určitou vědeckou činnost. Členové byli rozvrženi na řádné, kteří již publikovali více prací a na čekatele, kteří teprve s vědeckou činností začínali. Při založení měla společnost 49 řádných členů a 42 čekatelů.
V roce 1952 začaly vycházet dva fyziologické časopisy: Československá fyziologie a Čechoslovackaja fiziologija v rámci Ústředního biologického ústavu Československé Akademie věd (1952), později Fyziologického ústavu ČSAV (založeného 1. 1. 1954), uveřejňující práce v českém nebo slovenském jazyce a v mezinárodní verzi v ruském jazyce s německými nebo anglickými souhrny. V roce 1955 byl tento časopis přejmenován na Physiologia Bohemoslovaca, kde se od roku 1960 práce publikovaly v angličtině. Vedoucím redaktorem obou časopisů byl do roku 1970 E. Gutmann, kterého vystřídal K. Čapek. Časopis Čs. fyziologie se od roku 1958 zaměřil na přehledné články, abstrakta a metodická sdělení. Vedoucími redaktory časopisu byli postupně P. Hník (Čs. fyziol.), J. Martínek, B. Ošťádal, nyní J. Zicha (Physiol. Bohemoslov., která od roku 1991 vychází jako Physiological Research). Časopis Čs. fyziologie v roce 1992 přešel pod Českou fyziologickou společnost pod vedením J. Mareše.
Celostátní sjezdy členů společnosti s mezinárodní účastí se konaly v roce 1952 (Praha), 1953 (Brno), 1954 (Praha), 1956 (Starý Smokovec) a v roce 1961 (Karlovy Vary) byl poslední.
Na základě rozhodnutí výboru FS v roce 1957 se staly hlavním domácím fórem Fyziologické dny (FD), pořádané zpočátku dvakrát ročně. Postupně se vytvořila tradice zahájení FD – Purkyňova přednáška (první přednášku v roce 1967 přednesl prof. Krůta na 19. Fyziologických dnech s tématem Purkyňovo pojetí fyziologie), pedagogická přednáška (od roku 1998 nazývaná Procháskova) a vědecká aktualita.
Od roku 1954 se vytvořily v rámci společnosti jednotlivé pracovní komise společnosti v Brně, Plzni a v Hradci Králové (jediná, která pracuje bez přerušení dosud) a dále komise ontogenetická, termoregulační, cAMP, výživy, neuroontogenetická, metabolických regulací, experimentální kardiologie, pedagogická, sensorické fyziologie, psychofyziologická a biokybernetická, z nichž jsou však dosud činné komise experimentální kardiologie, neuroontogenetická a pedagogická.
Od FS se během 50. let oddělili farmakologové, biochemici a patologičtí fyziologové. V návaznosti na federaci vznikly v prosinci 1968 národní společnosti: Česká fyziologická společnost a Slovenská fyziologická společnost.
Od rozdělení Československa v roce 1993 pracují v obou republikách společnosti zcela samostatně, ale vzájemná spolupráce zůstala zachována (střídavé pořádání FD).
Mezinárodní spolupráce FS byla zpočátku založena na kolektivním nebo skupinovém členství v mezinárodních organizacích – International Union of Physiological Societies (IUPS), International Brain Research Organization (IBRO), International Society for Developmental Neuroscience a Société de Physiologie. Důležitou úlohu v přípravě společných akcí pak plnily i osobní kontakty členů FS s představiteli těchto mezinárodních organizací.
Uznáním činnosti fyziologické společnosti bylo pověření organizovat u nás mezinárodní vědecké sjezdy – Société de Physiologie (1964, 1982, 1990, 1997), Regionální kongres IUPS 1991, kde také došlo 2.7. k založení Federation of European Societies (FEPS). ČFS pořádala II. Evropský kongres FEPS pro rok 1999.
Historicky první členská pracovní schůze Fyziologické společnosti dne 13. prosince 1951. Jako první podepsán Akademik Laufberger.
6. dubna 1960 navštívil zasedání Fyziologické společnosti prof. Edgar Douglas Adrian (1889–1977), nositel Nobelovy ceny za fyziologii (1932, za objevy o funkci neuronů). V Praze přednesl dvě sdělení: Fantomové údy po amputaci a Diskriminace čichových počitků. Profesor Adrian byl v roce 1955 jmenován Baronem z Cambridge.
Historie Fyziologických dnů
Historicky první Fyziologické dny se konaly v Praze 23.–25. ledna 1958. V prezenční listině podepsán Akademik Laufberger, který setkání zahájil a vystoupil i s první přednáškou: Stanovení vzrušivosti.